Gminy mogą stosować wskaźnik metrażowy dla wydatków związanych z gospodarką wodociągowo-kanalizacyjną oraz ustalać odrębne wskaźniki dla poszczególnych rodzajów działalności.
Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają wykładnię dopuszczającą możliwość określenia przez gminy prewspółczynnika w odniesieniu do konkretnego rodzaju wydatków i konkretnego rodzaju działalności. Gmina ma zatem prawo zastosować inną, indywidualnie określoną metodę obliczania prewspółczynnika, jeżeli jest ona reprezentatywna i najbardziej odpowiada specyfice prowadzonej przez gminę działalności. W przypadku działalności wodno-kanalizacyjnej metodą taką jest klucz udziału metrów sześciennych wody dostarczonej do mieszkańców i ilości metrów sześciennych odprowadzonych przez nich ścieków w całkowitej ilości metrów sześciennych fizycznie dostarczonej wody i odprowadzonych ścieków – orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 15 marca 2019 r., sygn. I FSK 701/18.
Gmina występując o wydanie interpretacji wskazała we wniosku, że ponosi wydatki inwestycyjne związane z budową/modernizacją znajdującej się na terenie gminy infrastruktury wodno-kanalizacyjnej. W przypadku wydatków związanych z infrastrukturą wodno-kanalizacyjną, gmina nie potrafi dokonać jednoznacznego przyporządkowania poczynionych zakupów do poszczególnych rodzajów prowadzonej działalności, tj. do czynności opodatkowanych VAT (świadczenie usług wodno-kanalizacyjnych na rzecz podmiotów zewnętrznych) oraz czynności pozostających poza zakresem regulacji ustawy o VAT (wykorzystanie na własne potrzeby). Gmina zapytała czy przysługuje jej w związku z tym prawo do odliczenia podatku naliczonego według udziału procentowego w jakim przedmiotowa infrastruktura wodno-kanalizacyjna wykorzystywana jest/będzie do wykonywania działalności gospodarczej i czy w takim przypadku prawidłowe będzie zastosowanie klucza odliczenia wyliczonego według udziału ilości metrów sześciennych wody doprowadzonej do mieszkańców i ilości metrów sześciennych ścieków odprowadzonych przez mieszkańców (czynności opodatkowane VAT) w całkowitej ilości metrów sześciennych wody dostarczonej do wszystkich użytkowników i ilości metrów sześciennych ścieków odprowadzonych przez wszystkich użytkowników (zarówno przez mieszkańców, jak i na potrzeby funkcjonowania siedzib jednostek budżetowych gminy i urzędu gminy). Przyjęła stanowisko, że taki klucz jest prawidłowy.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji z 18 września 2017 r. (sygn. 0112-KDIL1-1.4012.269. 2017. 1.SJ) uznał stanowisko gminy za nieprawidłowe. W uzasadnieniu wskazał, że proponowany przez nią sposób określenia proporcji nie mógł zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez nią działalności i dokonywanych nabyć, bowiem założenia przyjęte przy obliczaniu wysokości współczynnika budzą wątpliwości. Zdaniem organu, sposób ten nie uwzględnia faktu, że woda i ścieki zużyte/wytworzone przez własne jednostki organizacyjne mogą mieć pośredni związek nie tylko z działalnością inną niż gospodarcza, ale również – w pewnym zakresie – z działalnością gospodarczą.
Na powyższą interpretację gmina złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu, który w wyroku z 20 grudnia 2017 r., sygn. I SA/Op 447/17, przychylił się do opinii organu podatkowego i skargę gminy oddalił. Stanowiska tego nie podzielił jednak Naczelny Sąd Administracyjny w w/w prawomocnym wyroku.
