W wyroku z 24 czerwca 2020 r. (sygn. akt I FSK 74/18) Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) zajął korzystne stanowisko w sprawie kwalifikacji dla celów VAT dotacji do budowy przydomowych oczyszczalni ścieków.

Sprawa dotyczyła gminy, która zrealizowała budowę 29 przydomowych oczyszczalni ścieków (POS) na nieruchomościach stanowiących własność mieszkańców. Inwestycja, będąca zadaniem własnym gminy, została dofinansowana ze środków unijnych – na poziomie 75% wartości poniesionych przez gminę kosztów kwalifikowanych netto (bez VAT). Wybudowane oczyszczalnie miały służyć wyłącznie do czynności opodatkowanych VAT, tj. świadczenia usługi odprowadzania i oczyszczania ścieków.
Gmina twierdziła, że otrzymane przez nią środki nie są dopłatą do ceny oferowanych przez nią usług oczyszczania ścieków, ponieważ stanowią dofinansowanie ogólne, przeznaczone na pokrycie kosztów związanych z realizacją inwestycji, takich jak dokumentacja techniczna, nadzór inwestorski, ocena techniczna złożonych ofert, wykonanie analiz planistycznych, a zatem otrzymane dofinansowanie nie zwiększy podstawy opodatkowania.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał stanowisko gminy za prawidłowe. Sąd wyjaśnił, że nie ma żadnych podstaw do tego, by twierdzić, że udzielona gminie dotacja stanowi dopłatę do ceny, za jaką mieszkańcy nabędą usługi oczyszczania ścieków. Gmina wyraźnie wskazała, iż przyznano jej dofinansowanie na poziomie 75 proc. wartości poniesionych kosztów kwalifikowanych netto i zobowiązano ją do wybudowania i zamontowania na wskazanych terenach oczyszczalni oraz spełnienia wielu warunków formalnych, a więc wynika z tego, że gmina pozyskała dofinansowanie na zrealizowanie całego projektu. Sąd wyjaśnił, że jeżeli dotacja jest przeznaczona na pokrycie kosztów zakupu i montażu oczyszczalni, to ma ona charakter zakupowy. Nie ma natomiast na celu sfinansowanie ceny sprzedaży usług oczyszczania ścieków realizowanych następnie przez gminę na rzecz mieszkańców.