Najwyższa Izba Kontrola (NIK) wskazuje na błędy, które popełniają jednostki samorządu terytorialnego realizując obowiązek centralizacji rozliczeń podatku VAT.

NIK zwraca głównie uwagę na błędy dotyczące: nieterminowego przesyłania przez jednostki organizacyjne deklaracji cząstkowych VAT-7 i cząstkowych ewidencji VAT, braku podpisów uprawnionych osób na deklaracjach i ewidencjach, niewłaściwego oznaczenia podatnika na fakturach i umowach, niepodpisania aneksów do umów zawartych przed centralizacją rozliczeń VAT oraz nieprzekazywania środków finansowych dla jednostek organizacyjnych na zapłatę VAT w wymaganych terminach.
Jednocześnie jednostki w niewielkim zakresie przeprowadzały kontrole i audyty wewnętrzne w obszarze rozliczeń VAT. Ujawnione w ich toku liczne nieprawidłowości wskazują na potrzebę wzmocnienia - ze strony kontrolowanych gmin i powiatów - działań monitorujących i nadzorczych nad prawidłową realizacją obowiązków wynikających z ustawy o VAT i regulacji wewnętrznych.
Skontrolowane samorządy nie wypełniały obowiązków podatnika VAT w sposób zgodny z prawem i rzetelny. Rzutowało to na występowanie nieprawidłowości w rozliczaniu podatku należnego. Wprawdzie deklaracje podatkowe co do zasady były składane i rozliczane terminowo, to ich liczne korekty wiązały się z koniecznością zapłaty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych.
W połowie kontrolowanych jednostek ujawniono nieprawidłowości w rozliczaniu podatku należnego, które wynikały z trudności interpretacyjnych, czy przy danym świadczeniu jednostka ta występuje w obrocie w charakterze podatnika VAT. Część samorządów nie dochowała należytej staranności przy kwalifikowaniu lub zmianie stawek opodatkowania.
Prawie wszystkie kontrolowane jednostki nie przekazywały Szefowi Krajowej Administracji Skarbowej informacji o schematach podatkowych w VAT.
Samorządy nierzetelnie sprawdzały swoich kontrahentów, a w związku z tym kontrolowane jednostki otrzymały wezwania z organów podatkowych, w sprawie ujawnienia ujęcia faktur VAT wystawionych przez podmioty niebędące czynnymi podatnikami VAT na dzień wystawienia tych faktur.
Samorządy w realizacji swych uprawnień nie ustrzegły się jednak również i rażących błędów. Jednostki organizacyjne samorządów nie stosowały metody proporcjonalnego odliczenia VAT za pomocą prewspółczynnika i współczynnika, pomimo dokonania zakupów służących zarówno działalności opodatkowanej VAT, jak i działalności niepodlegającej opodatkowaniu oraz zwolnionej z VAT.

Źródło: https://www.nik.gov.pl/aktualnosci/centralizacja-podatku-vat-w-jst.html