Zgodnie ze stanowiskiem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, w związku z nabyciem usługi audytu, która ma związek zarówno z działalnością gospodarczą (czynności opodatkowane VAT oraz zwolnione z VAT), jak i służy innym celom niż działalność gospodarcza (czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT), gmina ma prawo do częściowego odliczenia VAT.

Stanowisko takie zaprezentowane zostało m.in. w interpretacji indywidualnej z dnia 3 października 2023 r. (0114-KDIP4-2.4012.384.2023.5.AA).

We wspólnym wniosku spółki z o.o. będącej stroną postępowania i gminy niebędącej stroną postępowania wskazno, iż spółka zawarła w formie ustnej nienazwaną umowę na realizację usługi audytu wewnętrznego, o której mowa w art. 274 ust. 3 ustawy o finansach publicznych z gminą. Przedmiotem umowy była usługa audytu wewnętrznego o której mowa w ustawie o finansach publicznych, która to miała być realizowana przez okres 12 miesięcy począwszy od 1 stycznia 2019 roku, a skończywszy na 31 grudnia 2019 r. Umowa została potwierdzona w formie pisemnej w maju 2019 r.

W ramach pisemnego potwierdzenia określono m.in. termin płatności wynagrodzenia za realizację usługi w ten sposób, że wynagrodzenie płatne miało być w 2 częściach - pierwsza część do 30 czerwca 2019 roku i druga część do 31 grudnia 2019 roku. Każda z części miała zostać uregulowana w terminie 14 dni od dnia otrzymania przez zamawiającego prawidłowo wystawionej i podpisanej faktury. Przed wystawieniem faktury dotyczącej pierwszej części wynagrodzenia gmina poinformowała spółkę, iż nie posiada zaplanowanych w budżecie na rok 2019 środków na zapłatę wynagrodzenia objętego umową i zgłosiła potrzebę przesunięcia na termin późniejszy płatności, a także wykonania kompletnej usługi. Spółka nie wystawiła faktury w czerwcu 2019 roku, gdyż nie została zakończona usługa zgodnie z aneksowaną ustnie umową. Do końca 2019 roku spółka nie wystawiła faktury opiewającej na wynagrodzenie określone umową, z uwagi na niezakończenie prac związanych z zamówieniem. 20 grudnia 2020 roku kierownik gminy otrzymał m.in. dokumentację w postaci sprawozdania z prowadzenia audytu w roku 2019 i polecił wystawienie faktury obejmującej wynagrodzenie objęte umową. 30 grudnia 2020 r. spółka wystawiła i doręczyła gminie fakturę obejmującą między innymi wynagrodzenie obejmujące zakończoną kompleksowo usługę objętą umową dla roku 2019, z terminem płatności na 13 stycznia 2021 r.8 stycznia 2021 r. zatwierdzono do zapłaty wynagrodzenie objęte ww. fakturą. 8 stycznia 2021 roku gmina dokonała płatności wynagrodzenia.

W doprecyzowaniu i uzupełnieniu stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego wskazno także, że spółka zamierza wystawić fakturę opiewającą na połowę wartości wynagrodzenia objętego umową z datą wykonania usługi i bieżącą datą jej wystawienia oraz korektę faktury do faktury wystawionej 30 grudnia 2020 r. obejmującej m.in. całość wynagrodzenia za usługę objętą umową dla roku 2019, zmniejszając wartość wskazanego w niej wynagrodzenia o połowę, w związku z wystawieniem faktury, o której mowa powyżej.

Jak wskazano we wniosku, zgodnie z art. 274 ust. 3 ustawy o finansach publicznych ma obowiązek przeprowadzenia audytu wewnętrznego, jeżeli ujęta w uchwale budżetowej jednostki samorządu terytorialnego kwota dochodów i przychodów lub kwota wydatków i rozchodów przekroczyła 40 milionów złotych. Usługa audytu prowadzona w gminie wykorzystywana jest więc do całej działalności gminy, zarówno do działalności publicznej (niegospodarczej), jak i działalności gospodarczej. W związku z tym gmina nie jest w stanie jednoznacznie przypisać, do których czynności wykorzystywała nabytą usługę audytu. Tym samym nie istnieje możliwość przyporządkowania wydatków w całości do celów działalności gospodarczej, w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, a także w zakresie obiektywnego odrębnego przyporządkowania kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami opodatkowanymi podatkiem VAT i z czynnościami zwolnionymi od podatku VAT.

W związku z powyższym stanem faktycznym gmina oraz spółka zwróciły się do dyrektora KIS z zapytaniem, kiedy wystąpi prawo gminy do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w przypadku dokonania korekty i wystawienia dodatkowej faktury opiewającej na połowę wartości wynagrodzenia oraz kiedy powstał obowiązek podatkowy spółki w podatku VAT dla całości wartości wynagrodzenia określonego umową.

W odpowiedzi na powyższe pytanie Dyrektor KIS wskazał, że w odniesieniu do nabywanej usługi wykonania audytu, wykorzystywanej przez gminę zarówno do celów działalności gospodarczej (czynności opodatkowane VAT oraz zwolnione z VAT), jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT), i której gmina nie ma możliwości przyporządkowania w całości do działalności gospodarczej, gmina powinna dokonać wyliczenia kwoty podatku naliczonego przypisanego do działalności gospodarczej z zastosowaniem tzw. preproporcji określonej w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT z uwzględnieniem przepisu § 3 ust. 2 rozporządzenia z dnia 17 grudnia 2015 r. Ponadto z uwagi na fakt, że usługa audytu służy w ramach prowadzonej działalności gospodarczej zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do czynności zwolnionych od podatku i gmina nie ma możliwości odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, gmina jest zobowiązana również do proporcjonalnego odliczenia podatku, zgodnie z art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT. Prawo gminy do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, obowiązywało natomiast w okresie rozliczeniowym, w którym gmina była w posiadaniu faktury z 30 grudnia 2020 r. obejmującej całość wynagrodzenia za wyświadczoną usługę przeprowadzenia audytu.

Ponadto zdaniem Organu usługa wykonania audytu nie ma charakteru usług ciągłych. Zatem bez znaczenia dla określenia momentu powstania obowiązku podatkowego pozostaje zawarte w umowie postanowienie określające sposób rozliczenia wynagrodzenia na podstawie umownych okresów rozliczeniowych. Zdaniem Dyrektora KIS spółka wyświadczyła kompleksową usługę przeprowadzenia audytu, a obowiązek podatkowy - stosownie do art. 19a ust. 1 ustawy - powstanie zatem z chwilą wykonania usługi, tj. z chwilą wykonania ostatniej czynności składającej się na świadczoną usługę objętą umową o współpracy.