W dniu 8 maja 2019 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) wydał wyrok w sprawie C‑566/17 (Związek Gmin Zagłębia Miedziowego w Polkowicach przeciwko Szefowi Krajowej Administracji Skarbowej).
Trybunał uznał, iż artykuł 168 lit. a) dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że sprzeciwia się on praktyce krajowej zezwalającej podatnikowi na pełne odliczenie podatku od wartości dodanej (VAT) naliczonego w związku z nabyciem przez niego towarów i usług w celu prowadzenia zarówno działalności gospodarczej, opodatkowanej VAT, jak i działalności niemającej charakteru gospodarczego, która nie wchodzi w zakres stosowania VAT, ze względu na brak we właściwych przepisach podatkowych szczególnych uregulowań dotyczących kryteriów i metod podziału, które umożliwiłyby podatnikowi określenie części tego VAT naliczonego, którą należy uważać za związaną, odpowiednio, z jego działalnością gospodarczą i z działalnością niemającą charakteru gospodarczego.
Wskazane orzeczenie stoi zatem w sprzeczności z korzystną dla podatników uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 października 2011 r., w której NSA uznał, iż w braku stosownych kryteriów w prawie krajowym przyznaje się podatnikowi pełne prawo do odliczenia VAT również w odniesieniu do tej części podatku naliczonego, która jest związana z czynnościami będącymi poza wspólnym systemem VAT.
W praktyce ww. rozstrzygnięcie TSUE otwiera zatem drogę do kwestionowania pełnego odliczenia VAT przez podatników dokonujących przed 1 stycznia 2016 r. (a zatem przed datą formalnego wprowadzenia do ustawy o VAT przepisu art. 86 ust. 2a) zakupu towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów działalności opodatkowanej, jak i do działalności niemającej charakteru gospodarczego.
Przed tą datą (z zastrzeżeniem wprowadzonego z dniem 1 stycznia 2011 r. przepisu art. 86 ust. 7b, dotyczącego tylko nieruchomości) przepisy ustawy o VAT nie zawierały bowiem szczególnych regulacji odnoszących się do kwestii określenia części VAT naliczonego, którą należy uważać za związaną, odpowiednio, z działalnością gospodarczą i z działalnością niemającą charakteru gospodarczego.